2004年7月13日，国家食品药品监管局印发《关于执业药师注册管理暂行办法的补充意见》（国食药监人[2004]342号）。
《补充意见》指出，执业药师注册机构（以下简称注册机构）应当将注册的依据、条件、程序、期限以及需要提交的全部材料的目录和申请表示范文本等在办公场所公示。应当免费向申请人提供执业药师首次注册、再次注册、变更注册、注销注册申请表。
注册机构受理申请人的注册申请材料时，对于申请材料存在可以当场更正的错误的，应当允许申请人当场更正；对于申请材料不齐全或者不符合规定形式的，应当场或者在5个工作日内一次告知申请人需要补正的全部内容，逾期不告知的，自收到注册申请材料之日起即为受理。
申请事项属于本注册机构职权范围，申请材料齐全、符合规定形式，或者申请人按照注册机构要求提交全部补正申请材料的，应当受理注册申请；注册机构受理或不予受理注册申请，应当在申请表的备注栏内注明原因及日期，向申请人出具加盖本注册机构专用印章的书面通知。
注册机构应当自受理注册申请之日起20个工作日内作出注册的决定。20个工作日内不能作出决定的，经本注册机构负责人批准，可以延长10个工作日，并应当将延长期限的理由告知申请人。作出不予注册决定的，应当向申请人出具加盖本注册机构专用印章的书面通知。
执业药师变更执业地区的，应当持《执业药师资格证书》和《执业药师注册证》正、副本原件及复印件，并填写《执业药师变更注册申请表》，向新执业单位所在地区注册机构申请办理变更注册手续。
新执业地区的注册机构受理申请人的材料时，经对《执业药师资格证书》和《执业药师注册证》正、副本原件和复印件核对无误后，应当场将《执业药师资格证书》和《执业药师注册证》正、副本原件返还申请人。
执业药师在注册机构所在地区内变更执业单位的，持上述有关材料直接到所在地区的注册机构办理变更手续。
注册机构应当自受理变更注册申请之日起7个工作日内作出准予变更注册的决定，收回原《执业药师注册证》正、副本原件，颁发新的《执业药师注册证》正、副本，并在变更后5个工作日内告知原注册机构。
执业药师无正当理由不在执业单位执业超过半年以上者，由执业药师本人或其所在执业单位向注册机构申请办理注销注册手续。
注册机构作出准予注册的决定，应当自作出决定之日起10个工作日内向申请人颁发《执业药师注册证》正、副本。并应在办公场所或在电子政务网上公开，公众有权查阅，自觉接受公众监督。
《补充意见》同时对其他要求做出了明确。（2004.07.19）
